Los Órganos de Gobierno de Alumni UBU son la Asamblea General, la Junta Directiva y el Presidente.
Desde la Asamblea General Extraordinaria de Alumni UBU, celebrada en junio de 2022, la Junta Directiva está compuesta por los siguientes asociados:
D. Ernesto Antolín, Presidente de la multinacional Antolín
D. René Jesús Payo Hernanz, Director de la Institución Fernán González, Real Academia Burgense de Historia y Bellas Artes
D. Luis Abril Pérez, Presidente del Consejo Social de la Universidad de Burgos
D. Alfonso Murillo Villar Exrector Universidad de Burgos
D. Jesús Fernando San Miguel Izquierdo, Doctor en Medicina y Cirugía especialista en investigación clínica en hematología y hemoterapia
Fundadores de la Academia Universitaria de Derecho
- D. Manuel Mateos Santamaría
- D. Mariano Martínez de Simón Pardo
- D. Juan Durán Valdés
- D. José Mª Vicente Izquierdo
- D. Pedro González Fernández de Villamil
- D. Fco. Javier Barcón Furundarena
Museo de Burgos
Diario de Burgos
Desierto
- D. Juan José Laborda Martín
- D. Juan Carlos Aparicio Pérez
- D. Federico Sanz Díaz
Parlamentarios por Burgos en los años 90 y que lucharon por la fundación de la Universidad de Burgos
Antigua Asociación de Antiguos Alumnos universitarios