La Asociación Alumni UBU está organizada en los siguientes órganos de gobierno:
- Asamblea General: órgano supremo de gobierno de la Asociación Alumni UBU, donde se toman las decisiones fundamentales y se establecen la dirección de sus actividades.
- Consejo Asesor: órgano consultivo encargado de apoyar la ejecución estratégica.
- Junta Directiva: órgano de representación de la Asociación Alumni UBU, formada desde el 29 de mayo 2025 por los siguientes Alumni UBU:
Emiliana Molero Sotillo
PRESIDENTA // Secretaria General FAE Burgos
Zulema Furones Fernández
SECRETARIA // Jefa del Servicio de Informática y Comunicaciones UBU
Luis Serra-María Tomé
VOCAL // Jubilado Arquitecto Técnico
Beatriz Saiz Marroquín
SUPLENTE 1 // Secretaria-interventora Administración local
Delfín Ortega Sánchez
VICEPRESIDENTE 1º // Vicerrector relaciones institucionales, cultura y proyección social
Álvaro Eguiluz Urizarna
TESORERO // Alcalde del Ayuntamiento de Belorado
Alba Fernández Alonso
VOCAL // Directora Orientación y Mentoría estudiantil UBU
Alba Rodrigo Bravo
SUPLENTE 2 // Profesora de la UBU
Guillermo Alonso Pedrosa
VICEPRESIDENTE 2º // Gerente de la Fábrica de inventos
Sara Gutiérrez González
VOCAL // Vicerrectora Estudiantes UBU
Pilar López Lorente
VOCAL // Jubilada Gerente
D. Ernesto Antolín, Presidente de la multinacional Antolín
D. René Jesús Payo Hernanz, Director de la Institución Fernán González, Real Academia Burgense de Historia y Bellas Artes
D. Luis Abril Pérez, Presidente del Consejo Social de la Universidad de Burgos
D. Alfonso Murillo Villar Exrector Universidad de Burgos
D. Jesús Fernando San Miguel Izquierdo, Doctor en Medicina y Cirugía especialista en investigación clínica en hematología y hemoterapia
Fundadores de la Academia Universitaria de Derecho
- D. Manuel Mateos Santamaría
- D. Mariano Martínez de Simón Pardo
- D. Juan Durán Valdés
- D. José Mª Vicente Izquierdo
- D. Pedro González Fernández de Villamil
- D. Fco. Javier Barcón Furundarena
Museo de Burgos
Diario de Burgos
Desierto
- D. Juan José Laborda Martín
- D. Juan Carlos Aparicio Pérez
- D. Federico Sanz Díaz
Parlamentarios por Burgos en los años 90 y que lucharon por la fundación de la Universidad de Burgos
Antigua Asociación de Antiguos Alumnos universitarios